성공사례

과세처분 취소 사례, 과점주주 이유로 4,700만 원 부과됐다면

3월 3, 2026 - By 

안녕하세요.
법무법인 선린 김상수 변호사입니다.

세금 사건을 상담하다 보면
갑자기 거액의 세금이 부과되는 경우가 있습니다.

특히 과점주주라는 이유로 제2차 납세의무가 부과되는 과세처분은
당사자 입장에서 매우 억울한 경우가 많습니다.

이번 사건에서도 의뢰인은
어느 날 갑자기 약 4,700만 원의 부가가치세 과세처분을 받았습니다.

문제는 의뢰인이
해당 회사의 실질적인 주주도, 운영자도 아니었다는 점입니다.

그럼에도 불구하고 세무서는
주주명부에 이름이 올라 있다는 이유만으로
과세처분을 내렸습니다.

결과적으로 저는
이 과세처분을 취소시키는 방향으로 사건을 진행했습니다.

과세처분의 시작, 과점주주라는 이유였습니다

사건의 의뢰인 A 씨는
어느 날 세무서로부터 통지를 받았습니다.

약 4,700만 원의 부가가치세를 제2차 납세의무자로서 납부하라는 내용이었습니다.

세무서의 근거는 단 하나였습니다.

A 씨가 해당 법인의 과점주주로 등재되어 있다는 것이었습니다.

하지만 실제 상황은 전혀 달랐습니다.

A 씨는 해당 법인의 운영에 관여한 적이 없었고
자본금을 출자한 사실도 없었습니다.

단지 지인의 부탁으로
인감증명서를 건네주었다가

본인도 모르게
신설 법인의 이사이자 주주로 등재된 상태였습니다.

그럼에도 세무서는
주주명부 등재 사실만을 근거로
제2차 납세의무 과세처분을 내렸습니다.

결국 의뢰인은
법무법인 선린과 함께 과세처분 취소소송을 제기하게 되었습니다.

과세처분의 핵심 쟁점, 과점주주 해당 여부

이번 사건의 핵심은
의뢰인이 실제 과점주주인지 여부였습니다.

국세기본법 제39조는
일정 요건을 충족하는 과점주주에게
제2차 납세의무를 부담시킬 수 있도록 규정하고 있습니다.

하지만 이 제도는
본래 납세의무자가 아닌 제3자에게
보충적으로 책임을 묻는 제도입니다.

따라서 법원은
이 규정을 엄격하게 해석해야 한다는 입장을 취하고 있습니다.

대법원 역시 다음과 같이 판단했습니다.

주주명부에 이름이 올라 있다는 사정만으로
곧바로 실질적 주주라고 단정할 수 없다
(대법원 2008두983 판결 등).

즉 형식적 주주인지, 실질적 주주인지가
과세처분의 핵심 판단 기준이 됩니다.

참고로 과점주주는 다음과 같이 정의됩니다.

한 명의 주주와 특수관계인이 보유한 주식 합계가
법인 발행주식 총수의 50%를 초과하는 경우입니다.

하지만 이러한 형식적 요건만으로
과세처분이 정당화되는 것은 아닙니다.

제가 진행한 변론 전략

이 사건에서 저는
단순히 억울하다는 주장에 머물지 않았습니다.

객관적인 자료를 통해
의뢰인이 실질적 주주가 아니라는 점을 입증하는 데 집중했습니다.

특히 다음 사실을 중심으로 변론을 진행했습니다.

① 의뢰인은 법인 설립 과정에 전혀 관여하지 않았습니다
② 자본금을 출자한 사실이 없습니다
③ 급여, 배당, 의결권 행사 등 주주 권리를 행사한 사실이 없습니다
④ 별도로 개인사업을 영위하고 있었습니다
⑤ 법인 대표와 실질적인 경제적 관계가 없었습니다

또한 사업자등록증과
인감증명서 제공 경위 등

객관적인 자료를 통해
단순 명의대여에 불과했다는 점을 구체적으로 입증했습니다.

과세처분 취소 이후 발생한 쟁점

소송이 진행되자
국세청은 예상 밖의 결정을 내렸습니다.

소장을 받은 직후
문제가 된 부가가치세 과세처분을 스스로 취소한 것입니다.

그러면서 법원에 다음과 같이 주장했습니다.

과세처분이 이미 취소됐으니
소송은 각하되어야 하고
소송비용은 원고가 부담해야 한다.

하지만 저는
이 주장에 동의할 수 없었습니다.

애초에 잘못된 과세처분 때문에
소송이 시작된 것이기 때문입니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같이 판단했습니다.

과세처분이 취소된 이상
소송 자체는 각하하는 것이 맞습니다.

하지만
과세처분의 위법성 때문에
소송이 제기된 점을 고려해야 한다고 보았습니다.

결국 법원은

소송은 각하하지만
소송비용은 국세청이 부담해야 한다

는 판결을 선고했습니다.

즉 사실상
과세처분의 문제를 인정한 결과였습니다.

과세처분 사건에서 중요한 것

세금 사건을 진행하다 보면
과세관청이 형식적인 서류만 보고
과세처분을 내리는 경우가 있습니다.

특히 다음과 같은 상황에서 문제가 발생합니다.

  • 명의만 빌려준 경우
  • 실질적 주주가 아닌 경우
  • 회사 운영에 관여하지 않은 경우
  • 경제적 이익을 얻은 사실이 없는 경우

이런 사건에서는
형식보다 실질적인 사실관계가 중요합니다.

과세처분이 내려졌다고 해서
반드시 정당한 것은 아닙니다.

과세처분은 대응 시기에 따라 결과가 달라집니다

세금 사건은
초기 대응이 매우 중요합니다.

과세처분 통지를 받았을 때
단순히 세금을 납부해 버리면
나중에 되돌리기 어려운 경우가 많습니다.

특히 과점주주 관련 과세처분은
실질적인 주주 여부에 따라
결론이 완전히 달라질 수 있습니다.

현재 과세처분을 받았거나
과점주주 이유로 세금을 부담하라는 통지를 받은 상황이라면

사건 구조를 먼저 정확히 분석해야 합니다.

제가 직접 자료를 검토하고
해당 과세처분이 취소 가능한 사안인지
현실적인 대응 방향을 설명드리겠습니다.